优秀网站导航的目标之一就是通过内部链接使所有页面和主页有机链接，链接越近（即点击距离）越好。对于网站的一般权重，保持内页和主页之间的距离不超过四到五次点击。为了保证这一点的实现，我们通常应该使网站在链接结构上尽可能的扁平化。
网站导航系统设计应尽量使用最常用的HTML文本，不要使用图片、flash作为导航链接，不要使用JavaScript生成导航系统。由于搜索引擎不能很好地识别这些内容，以这些方式构建导航系统往往会造成搜索引擎采集的困难，从而影响排名和权重。其实CSS语言也可以设计出漂亮的导航效果，比如各种文字颜色，以及下拉菜单等等。
网站导航系统的设置对于降低链接的层次非常重要。主导航中的页面只会低于主页的级别，所以主导航中的页面越多，网站就越平坦。但是，用户体验和页面的实际情况不允许在主导航中有太多的链接。因此，在设计时，站长要分清重与重，并做出适当的选择。
导航系统中的链接通常是分类页面内部链接的最重要来源，而且数量最多。因此，添加锚文本将对目标页面的相关性和权重导入产生巨大影响。因此，类别名称应该尽可能多地包含链接页面的关键字，也就是说，锚文本链接应该尽可能多地使用。当然，站长也不能刻意叠加关键词，在保证用户体验的情况下，尽量保持在2-4个字。
面包屑导航是判断网页在整个网站结构中位置的最直观的方式，对于用户体验和搜索引擎来说都是如此。正确使用面包屑导航的网站通常是结构良好、层次分明的网站。对于网站设计来说，面包屑导航应该是网站导航结构的必要组成部分。面包屑导航对于大中型网站和小型网站都同样重要。
随着SEO知识的普及和站长优化水平的提高，出现了在页脚处堆积关键词锚文本的趋势。这种页脚的导航结构在初始阶段可以很好地工作。然而，随着搜索引擎技术的进步和越来越多的站长滥用这一技术，对搜索引擎的反感已经成为网站受到搜索引擎惩罚的原因之一。因此，站长应尽量避免使用这种方法，保持页脚的导航设计自然。